لری بعد از اتفاقات قسمت اول از شهر خارج شده است و بعد از گذشت چند وقت به شهر بر می گردد و متوجه می شود که موزه قبلی تعطیل شده و تمام اشیا عتیقه این موزه به موزه ی جدیدی در واشنگتن انتقال پیدا کرده است . . .
داستان فیلم در مورد دو کودک است که دارای نیروهای خارق العاده هستند و موجوداتی فضایی می باشند اکنون آنها سعی دارند تا به سفینه ی خود برگردند و از خطری که گروهی از تبهکاران آنها را تهدید می کند و هم چنین از دست مامورین فدرال دولتی که قصد دستگیری آنها را دارند بگریزند و در این بین با راننده ی تاکسی روبه رو می شوند و با کمک او مسیری طولانی را تا رسیدن به بیابان نوادا که محل سفیه ی آنها است طی می کنند .
داستان انیمیشن بر اساس واقعیت ساخته شده و در سال 1976 تا 1994 اتفاق میافتد درباره ی دوستی بین یک دختر 8 ساله و مرد یهودیِ 44 ساله ای است که در نیویورک زندگی می کند داستان از وقتی که دختر 8 ساله است و تا وقتی 26 ساله شود و نامه هایی که بین این دو نفر رد و بدل می شود ادامه دارد . . .
در ادامه اولین قسمت فیلم حیوانات باغ وحش نیویورک شیری به نام الکس گورخری به نام مارتی زرافه ای به نام مل مان و اسب آبی به نام گلوریا همچنان در جزیره ماداگاسکار گیر افتاده اند و قصد دارند آنجا را سریعتر ترک کنند بعد از آن ناگهان وارد سرزمینی آفریقایی می شوند در آنجا الکس خیلی زود با بقیه خانواده اش روبرو می شود و متوجه مشکل در برقراری ارتباط با آنها می شود زیرا او مدت زیادی را در باغ وحش مرکزی شهر بوده و مانند خانواده اش رفتار نمی کند . . .
شهر امبر و شهردار آن برای نسل های آینده دنیایی زیبا و روشن خلق کرده اند اما اصلی ترین و قوی ترین ژنراتور شهر دچار مشکل شده و تمام لامپ های بزرگ شده شروع به روشن و خاموش شدن کرده اند لینا میفلیت و دون هارو دو نوجوان تصمیم به دنبال سرنخ های موجود برای گشودن راز قدیمی شهر می گیرند هدف آنها کمک به خروج اهالی شهر قبل از خاموش شدن همیشگی لامپ هاست .
در دنیایی پر از دانشمندان مجنون و اختراعات اهریمنی ایگور رویایی بزرگ در ذهن دارد و می خواهد در رقابت سالانه علوم اهریمنی پیروز شود داستان فیلم در مورد ایگور است او در یک آزمایشگاه کار می کند در زمانی که او زندگی می کند دنیا پر شده است از اختراعاتی مضر و وحشتناک که توسط دانشمندان خبیث انجام شده است و حالا ایگور که دستیار یک دانشمند است اختراعی مهم انجام می دهد تا دنیا را عوض کند . . .
پروفسور آليور ليندن بروک زمين شناسى اهل ادينبرو است كه همراه با شاگردش الك مک يوئين به ايسلند سفر مى كنند تا از راه دهانهى يک كوه آتشفشان به مركز زمين بروند آنجا با كارلا ملاقات مى كنند كه شوهرش قبلا در چنين سفرى كشته شده است . . .
