در قسمت دوم این فیلم که داستان چند سال بعد فیلم اول را روایت می کند خواهیم دید که خانواده بیلی با یکدیگر همکاری می کنند تا جلوی نابود شدن دنیا توسط « دختران اطلس » را بگیرند آن ها برای این کار باید برای صلح با خدایان سفر کنند .
روح جنگل به نام ماوکا احساساتی را نسبت به یک نوازنده انسانی لوکاس پیدا می کند همان طور که آنها به یکدیگر نزدیک تر می شوند یک موقعیت اجتناب ناپذیر ماوکا را مجبور می کند بین عشق و وظیفه خود به عنوان نگهبان جنگل یکی را انتخاب کند .
پیدا کردن روحی به نام ارنست در خانه جدید خانواده کوین یک شبه آنها را به سوژه رسانه های اجتماعی تبدیل می کند اما وقتی کوین و ارنست در مورد رمز و راز گذشته ارنست تحقیق می کنند هدف سازمان سیا قرار می گیرند .
اسکات لانگ به همراه دوستانش در قلمرو کوانتومی به کاوش می پردازند در آنجا با موجودات عجیب و غریبی روبرو می شوند و ماجراهایی را تجربه می کنند که فراتر از محدودیت های آنها می باشد .
پس از اینکه روابط هند و پاکستان بهم می ریزد دولت پاکستان تصمیم می گیرد با یک تروریست دلال به نام جیم همکاری کند و کشور هند را به زانو در بیاورد جیم نیز یک ارتشی سابق هندی هست که بسیار مهارت دارد و تصمیم می گیرد یک حمله ی چند جانبه به واسطه ی یک ویروس قدرتمند به هند وارد کند ولی در این میان پاتان قصد دارد هر طور که شده جلویش را بگیرد .
گربه چکمه پوش متوجه می شود که اشتیاق او به ماجراجویی تاثیر خود را گذاشته است او هشت نفر از 9 زندگی خود را نابود ساخته است پوس سفری حماسی را آغاز می کند تا آخرین آرزوی افسانه ای را بیابد و زندگی نه گانه خود را بازسازی کند .
یک گربه دست و پا چلفتی به نام موریس با گروهی از موش های صحرایی از طریق کلاهبرداری پول خوبی به دست می آورد اما زمانی که موریس به همراه موش ها به شهر آسیب دیده بدبلینتز می رسند با دختری به نام مالیشیا ملاقات کرده و همه چیز تغییر می کند .
جیک سالی با خانواده جدید خود که در سیاره پاندورا تشکیل شده اند زندگی می کند اما هنگامی که یک تهدید آشنا که برای پایان دادن به آنچه قبلا شروع شده بود باز می گردد جیک باید با نیتیری و ارتش نژاد ناوی برای محافظت از سیاره خود همکاری کند .
