داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط شریدر در نیویورک منتشر شود رخ می دهد خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او تعدادی هیولای کله گنده برای پیش برد اهدافش خلق کند . . .
پس از اینکه افسر پلیس بارنز تصمیم گرفت قاتل پسرش را نکشد این بار او وظیفه سرپرستی تیم امنیتی سناتور چارلن روآن را برعهده می گیرد که قول داده روز پاکسازی را از بین ببرد اما . . .
جنگ بزرگی بین ارتش کریپتونسول ها و مردان ایکس رخ می دهد که عامل این اتفاقات ظهور مردی از دل کویری در یکی از سیاره های دور از کهکشان راشیل است که با قدرت مهار نشدنی اش جنگی به پا می کند که به نبرد آخرالزمان معروف است . . .
داستان انیمیشن در جزیره ای جریان دارد که مملو از پرندگان شاد و سرخوش می باشد که با آرامش در کنار یکدیگر زندگی می کنند اما زمانی که خوک های سبز مرموز به جزیره می آیند سه پرنده به نام های : قرمز ، چاک و بمب باید بفهمند خوک ها در آن جزیره به دنبال چه چیزی هستند . . .
دهه 1930 کُره در دورهی اشغال ژاپن دختری بعنوان دستیار برای یک زن ثروتمند ژاپنی که زندگی منزوی ای را در کاخی بزرگ می گذراند استخدام می شود اما او بصورت مخفیانه درگیر توطئه ای علیه آن زن ژاپنی شده . . .